Redan från början av lägrets verksamhet fanns det barn bland lägerfångarna. Vid övergången mellan 1942 och 1943 skickades det till Auschwitz polsk civilbefolkning (inkl. barn) från Zamojszczyzna-områden och hösten 1944 t o m från Warszawa där polackernas uppror var på gång. Totalt var det ca tre tusen polska barn som hamnade i Auschwitz.
Förutom polacker var det också judiska barn som togs till lägret. Sedan 1942 skickades det till Auschwitz judar från hela ockuperade Europa. De flesta barnen utsatts för död i gaskammare strax efter ankomsten. En del av judiska tonåringar registrerades i lägret där de borde utföra samma fysiska arbeten som vuxna fångar. Under en viss tid fanns det ett familjeläger i Birkenau där hela judiska familjerna kunde leva tillsammans. Slutligen likviderades alla familjeavdelningar och små barn som fortfarande var vid liv dödades.
Fram till hälften av 1943 mördades alla barn som föddes i Auschwitz, oftast genom en fenolspruta in i hjärtat eller genom att bli dränkta av nazisterna. Sedan var det endast judiska barn som dödades, övriga registrerades i lägret men de dog oftast väldigt fort pga livsvillkor gällande i lägret. Enligt bevarade dokument var det minst 700 barn som föddes i Auschwitz. Antalet barn som deporterades till lägret var uppskattningsvis drygt 230 000 varav ca 216 000 var judar och ca 11 000 – romer. Totalt var det bara 23 000 barn och tonåringar som blev registrerade i Auschwitz och endast 700 som räddades av sovjetarmén och befriades.